本通则旨在规范全民所有自然资源资产清查的技术方法和工作程序。围绕履行所有者职责这一核心目标，本通则系统整合国土调查、确权登记及各类专项管理数据成果，建立了一套涵盖空间数据整合、价格体系构建、经济价值核算、质量核查及数据库建设的标准化清查流程。本通则适用于土地、矿产、森林、草原、湿地、水、海洋及国家公园等八类自然资源资产，通过统一的技术要求，查清其数量、质量、用途、分布等实物属性，并在此基础上核算经济价值，查清使用权、所有者职责履职主体及其他管理情况，最终形成资产底图与底数，为全民所有自然资源资产管理提供基础支撑。
本通则明确了空间数据整合的基本任务，即统一多源数据的格式与数学基础，通过提取、套合与拓扑检查等标准化处理，形成能系统反映自然资源分布现状的空间信息标准数据集。在此基础上，本通则规定了查清使用权状况的具体路径，要求根据地籍调查、不动产登记及矿业权管理等成果，采用调查补录等手段，摸清使用权主体、类型、来源、年期及权利变化等情况。同时，依据各级政府制定的自然资源清单，结合确权登记成果，查清所有者职责的履职主体层级及具体部门，并叠加“三区三线”、用途管制、执法督察等成果，查清各类资源的保护和利用状况及权益维护情况。
本通则要求建立国家、省两级资产价格体系。对于农用地、森林、草原、矿产及海洋资源，按划分均质区域、抽样采集价格信号、系数修正或收益还原测算等流程确定区域平均价格；对于建设用地，则基于基准地价通过因素修正建立价格体系。在经济价值核算环节，本通则规定了差异化的核算规则：对缺少价格信号的湿地及水、未利用地、公益性用海用岛等特定资源类型，探索成本法核算或仅清查实物量而不核算经济价值；对于规划条件不明确的未确定使用权人国有建设用地，则依实际发生成本进行价值核算。
本通则构建了“县级自检、地市预检、省级验收、国家级核查”的四级质量管控程序。核查内容涵盖实物属性、经济价值、使用权及履职主体信息的准确性，并通过内业遥感影像比对与外业实地抽查相结合的方法进行。各层级均设定了严格的检查比例与评定标准，如县级须完成百分之百全面自检，国家级核查比例一般不低于不一致图斑总数的千分之五，并建立问题记录、整改与复核机制，确保清查成果的完整性、规范性与真实性，未通过检查的成果不得进入下一环节。
本通则规定建立县、地市、省、国家四级全民所有自然资源资产清查数据库，内容涵盖八类资源资产的清查成果及专题数据库。数据库建设遵循统一的汇交规范与建设标准，通过专用的质检工具实现各级成果的检查与汇交。在运维管理上，本通则要求设立专门的数据库管理员与备份机制，对数据的修改、提供与发布实施严格的审批管理，并定期进行安全评估。清查最终成果包括工作总结报告、数据质检报告、数据报表、数据集及专题图等五类，构成支撑精细化管理的基础成果体系。
