本办法旨在规范和加强中央财政耕地建设与利用资金管理，提高资金使用效益，推动落实党中央、国务院关于加强耕地建设与利用的决策部署。本资金为共同财政事权转移支付资金，实施期限至2027年，由财政部会同农业农村部共同管理。办法明确了资金的使用范围、测算分配方法、预算下达流程以及绩效管理与监督要求，覆盖耕地地力保护补贴、高标准农田建设、盐碱地综合利用试点、黑土地保护、耕地轮作休耕、耕地质量提升及其他重点任务等七大支出方向，并规定了省、市、县各级财政和农业农村部门的职责分工，构建了从资金分配到项目监管的全链条管理体系。
本办法明确耕地建设与利用资金主要用于七类支出，包括发放耕地地力保护补贴、支持高标准农田建设及自然损毁工程修复、开展盐碱地综合利用试点、实施黑土地保护农机农艺措施、推进耕地轮作休耕试点、治理退化耕地及提升耕地质量等。同时，严格划定了资金使用红线，规定资金不得用于单位基本支出、工作经费、兴建楼堂馆所、偿还债务等与耕地建设与利用无关的支出。对于高标准农田建设项目，允许县级按规定比例据实列支勘测设计、工程监理等必要费用，但省市两级不得列支。
资金分配采用因素法与定额测算相结合的方式，并可根据粮食产量、绩效评价结果等因素进行调节。各支出方向分配规则各异：耕地地力保护补贴以基期资金规模和基础资源因素为主进行测算；高标准农田建设支出依据年度任务量、省级财政投入情况及高效节水灌溉任务等因素分配，并对西藏、新疆等地区予以倾斜，同时设立奖补激励机制；黑土地保护支出由基础资源和政策任务因素共同决定；耕地轮作休耕和盐碱地综合利用试点主要依据任务面积或实行定额补助。过渡期内，安排给832个脱贫县的资金可按统筹整合使用财政涉农资金政策执行。
资金实行全过程预算绩效管理，各级财政和农业农村部门需加强绩效目标管理、运行监控和自评，并将评价结果作为资金分配和完善政策的重要依据。高标准农田建设支出特别要求将“用于粮食生产情况”作为核心绩效目标。在监管方面，财政部各地监管局履行监督职责，各级部门应加强内部控制，自觉接受审计监督。对存在违规分配资金、挤占挪用、弄虚作假等行为的，依法追究责任。同时，要求地方加快预算执行，严控结转结余，确保资金使用效益。
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