该法确立了保护优先、预防为主、综合治理、公众参与、损害担责的原则，适用于内水、领海、专属经济区及大陆架等区域。其核心制度包括划定海洋生态保护红线、实施重点海域排污总量控制，并通过明确各部门职责，对海洋环境进行统一监督管理。法律从海洋生态保护、陆源污染物、海岸与海洋工程、倾倒废弃物、船舶污染等关键领域切入，系统规范了各类可能损害海洋环境的活动，旨在保护和改善海洋环境，维护生态平衡，促进经济社会可持续发展。
本法总则强调在重点海洋生态功能区、敏感区和脆弱区划定生态保护红线，实施严格保护。同时设有专章保护红树林、珊瑚礁等典型生态系统，并对具有重要价值的生态区域进行整治恢复。法律要求建立健全海洋生态保护补偿制度，开发利用资源须严守红线，并建立了海洋自然保护区和特别保护区制度。
法律严格管控陆源污染物排放，要求入海排污口依规设置、科学论证，禁止在特别保护区新建排污口，并对各类有害物质排放设限。同时，对海岸工程和海洋工程建设项目，严格执行环境影响评价与“三同时”制度，确保环保设施与主体工程同步设计、施工和使用，防止工程建设对环境造成破坏。
本法清晰界定了环境保护、海洋、海事、渔业等行政主管部门及军队环保部门的监督管理权责，实行跨部门联合执法。在法律责任章节，对违法排放、非法倾倒、违规建设等行为设定了严厉的处罚措施，包括按日连续处罚、责令停业关闭及追究刑事责任，并规定了污染损害赔偿责任与免责情形。
