本规程系统规定了自然资源违法行为立案查处从立案、调查取证、审理、法制审核、处理决定到执行、移送、结案归档的全流程操作标准，适用于自然资源主管部门查处土地、矿产、测绘地理信息、国土空间规划领域违法行为，综合行政执法部门、乡镇政府、街道办等可参照执行。规程以规范裁量权、落实行政执法“三项制度”和案件管辖规则为支撑，并附六类附录列明主要违法行为、法律依据与法律责任及文书格式。
案件实行地域管辖为主，土地、矿产、规划违法一般由不动产所在地主管部门管辖，测绘违法由单位注册地或个人户籍地管辖；县级主管部门管辖本辖区案件，市、省级管辖重大复杂案件，部级管辖全国性重大案件。上级可提级管辖下级应立案而未立案或重大复杂案件，管辖权争议由共同上级在七个工作日内指定。立案须同时满足有明确行为人、有违法事实、应追究法律责任、属于本级管辖且未超过追诉时效五个条件，符合条件应在十个工作日内立案，承办人员不得少于二人并执行回避制度。
调查措施包括责令停止违法行为、先行登记保存证据、暂停办理相关审批登记、查封扣押测绘违法设备工具等，遇阻时可商请基层组织协助或提请公安、检察机关支持。规程按土地、矿产、测绘、规划四类案件分别列明证据范围，并对书证物证、视听资料电子数据、证人证言、询问笔录、现场勘验笔录等提出具体格式要求。耕地破坏程度由市地级或省级主管部门组织认定，矿产品价值按销赃数额确定，难以查证的按数量和价格认定。
违法用地占用地类以行为发生时最新年度土地利用现状图套合判定，是否符合规划以乡级规划图件套合比对并结合文本对照，占用永久基本农田以2017年6月划定为时间节点分别套合数据库或规划图件判定。违法责任主体区分自然人、法人、其他组织及委托雇佣关系分别认定。违法所得认定区分违法转让土地、无证越界采矿、测绘违法和规划违法收入四类情形分别确定计算规则。不予处罚、从轻减轻处罚情形按行政处罚法规定执行，处理建议须对照裁量基准提出。
案件调查终结后由非承办人员审理，审理内容涵盖主体认定、事实证据、定性依据、程序合法性及裁量适当性；重大执法决定须经法制机构合法性审核。行政处罚决定自立案之日起九十日内作出，可延长不超过三十日。处罚种类涵盖警告、罚款、没收、吊销许可证件、停业整顿等。文书送达规定直接、留置、电子、邮寄、转交、公告六种方式及相应生效规则。当事人逾期不履行的，经催告后申请法院强制执行，涉及规划法拆除决定可申请政府责成有关部门强制拆除，没收实物须在九十日内移交本级政府处理。
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