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全域土地综合整治项目实施须建立全过程监管机制，依次经历子项目立项审批、组织实施、竣工验收以及后期管护等阶段，各阶段均有明确的程序与要求。
项目管理
省级层面要建立健全全过程监管机制并明确各级监测监管责任，完善相关技术规范，指导市、县依法依规组织实施，对涉及其他责任部门的，应明确各部门在实施中承担的职责。综合利用土地卫片执法、自然资源督察等工作成果，运用航空航天遥感、GIS、大数据等信息化技术，采取日常监管、重点核查等多种监管方式，建立可追溯、可核查、可评价的全流程监管机制。
子项目立项审批、核准和备案
按照政府和企业投资项目管理要求，由各相关部门归口子项目管理，分别进行立项审批、核准和备案。鼓励探索建立整治区域内子项目整体立项审批的管理模式，简化审批流程，统一进行工程设计，整体推进项目实施。
全域土地综合整治涉及的人居环境、农村供水、村内道路等简易村庄建设项目，可依法依规通过并联审批压缩办理时限，探索开展部门联办、全程帮办，加快项目推动进度。不需要编制村庄规划的，可依据所在村庄制定的乡村地区“通则式”规划技术管理规定，以及乡镇国土空间规划相关要求，核发乡村建设规划许可证。设施农业用地按规定采取备案制度，由农村集体经济组织或经营者向乡镇政府备案，乡镇政府定期汇总情况后交至县级自然资源主管部门。
组织实施
项目实施
要按照有关规定严格执行项目法人制、招投标制、监理制、合同制、公告制等，强化资金使用管理，加强审计监督。按照实施方案确定的年度实施计划有序推进，涉及耕地和永久基本农田优化调整的，严格落实“先补后调”。涉及城镇开发边界优化调整的，要确保城镇开发边界规模和扩展倍数不扩大。不发生以整治项目等名义违法采矿。
鼓励群众参与
要充分保障群众的知情权、参与权、监督权，运用好村民议事决策机制，及时征求相关权利人的意见，切实维护农民权益。具备条件的政府投资村庄建设项目，可以由村民委员会、村集体经济组织等作为项目法人。项目实施中，对具备条件的，可鼓励当地群众直接参与项目实施。
实施方案调整与撤销
全域土地综合整治实施中，因不可抗力、不可预见因素等确需调整实施方案的，应依据省级相关规定办理调整手续，并及时进行数据汇交或备案；确需撤销的，应严格按规定办理审批手续。
竣工验收
子项目验收
子项目竣工后，由项目主管部门按照规定的标准、程序和内容及时开展验收工作。验收过程中，应当综合运用国土变更调查、遥感监测影像成果及有关信息化技术手段，结合实地核查，对整治任务完成情况整体把关。验收时，新增耕地面积均应实测并经日常变更认定，不得仅靠“图上作业”或以系数测算。涉及现状地类或种植属性调整的，要及时纳入日常变更或年度国土变更调查。涉及永久基本农田调整的子项目经省级验收后，报部更新永久基本农田数据库。
根据经批准的土地权属调整方案、权属调整协议，以及有关用地批准文件等，补充开展地籍调查，办理不动产登记，确保成果的现势性和准确性，保障群众合法权益。
整体验收
实施方案确定的各子项目已通过竣工验收并按要求更新全国国土空间规划“一张图”数据，且不存在负面清单情形的，应开展整体验收。
整体验收应依据实施方案明确的各项工作任务，按照有关规定和验收标准，重点对耕地数量不减少、质量有提升、生态有改善，整治区域内建设用地总面积不增加，空间布局有优化等情况进行验收。验收后，各地应按照有关评估标准组织开展成效评估。
对于突破“三区三线”管控要求或损害群众合法权益、存在负面清单情形的，应中止整体验收，提出整改意见。待整改合格后，重新开展整体验收。
后期管护
项目竣工后，按照“谁使用、谁受益、谁管护”的原则，明确后期管护责任主体和管护资金，确保长期发挥效益。支持将财政投资的农田基础设施等移交乡镇政府或村集体经济组织，由其承担管护责任，鼓励地方政府对管护费用给予适当补助，确保农田基础设施等长期有效运行。永久基本农田调整完成后，要及时向社会公告，明确永久基本农田保护责任，实行永久保护。