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实施方案编制与报批是全域土地综合整治的关键环节，应省级统筹监管、市县级组织实施，在深入调查和问题诊断基础上科学编制方案，经联合审查批准后作为项目实施、验收和监管的基本依据。
实施方案编制与报批
一般规定
省级要建立健全全过程监管机制并明确各级监测监管责任，完善相关技术规范，指导市、县依法依规组织实施。对涉及其他责任部门的，应明确各部门在整治实施中承担的职责。综合利用土地卫片执法、自然资源督察等工作成果，运用航空航天遥感、GIS、大数据等信息化技术，采取日常监管、重点核查等多种监管方式，建立可追溯、可核查、可评价的全流程监管机制。
合理确定整治区域
在县域统筹谋划和深入调查的基础上，综合考虑整治的必要性和可行性、资源禀赋、工作基础、政府财力、群众意愿等，可将确需采取拆旧建新、整理复垦、零星开发、修复治理等工程措施方可实现空间布局优化等整治目标的村庄，在取得村民支持、农村集体经济组织或村民委员会同意后，划为整治区域。对于实施单元内群众不支持的村庄，不应划入整治区域。
实施方案编制
补充调查分析
采取内业和外业相结合的方式，对整治区域内自然地理要素空间分布、土地利用状况、生态环境状况、产业资源、旅游资源、历史文化资源以及土地权属等进一步核实更新并开展补充调查。按照整体性、系统性和综合性的要求，在补充调查的基础上，从乡村耕地碎片化、空间布局无序化、资源利用低效化、生态系统质量退化等方面，综合开展问题识别诊断。在分析国土空间规划和用途管制要求，结合经济条件、发展需求、群众意愿等情况的基础上，全面分析评价农用地整治、建设用地整理、生态保护修复等涉及土地资源要素整治实际潜力。
明确整治目标
在问题诊断和潜力评价的基础上，明确整治的具体目标。提出整治总规模、农用地整治面积、建设用地整理面积、生态修复面积、新增耕地面积、新增永久基本农田面积、建设用地减少面积，以及耕地和永久基本农田质量有提升、耕地布局更优化、永久基本农田布局基本稳定、生态保护红线保护目标不降低等方面整治指标。
明确子项目安排
围绕整治目标，针对整治区域诊断的具体问题，综合分析确定农用地整治、建设用地整理、生态保护修复等整治任务，依据相关标准及有关要求，将可独立开展工程设计和预算管理的工程项目，因地制宜确定为各类整治子项目；对于同一区域内能够由同一主体实施、内容相近的工程，可打包确定为一个子项目。子项目类型包括且不限于：农用地整治、建设用地整理、生态保护修复、特色文化保护、乡村产业导入等。子项目安排应明确项目名称、主管部门、项目位置、建设规模、工程内容、投资总额、资金来源、实施周期等。涉及耕地、永久基本农田布局优化调整的子项目，应明确调整前后的耕地、永久基本农田数量、质量和布局。根据实施期限，按照系统性、关联性、协同性要求，统筹考虑子项目布置与时间安排，明确分年度实施计划，建设时序上应优先实施补充耕地项目。可围绕农业现代化和农村一二三产业融合发展需求，因地制宜导入优势产业，形成收益路径清晰、产业运营稳定、资金易于平衡的市场化运作模式。
投资估算与资金筹措
根据子项目安排，结合整治类型、内容、措施、标准和实施期限等，可采取单位面积投资标准比较、案例分析等方法，参照国家、行业、地方有关投资定额，进行投资估算。要做好资金平衡分析，综合考虑财政专项资金投入或补助、相关部门涉农资金、金融机构融资、社会资本投入，以及整治产生的城乡建设用地增减挂钩指标和补充耕地指标收益、整治后土地流转收益、生态产品参与碳汇交易收益、产业运营收益等方面，分析项目实施的总体资金投入与产出。其中，城乡建设用地增减挂钩指标和补充耕地指标收益等不得直接作为贷款的还款来源。鼓励地方政府依据《乡村振兴法》，将土地出让收入用于农村土地综合整治等乡村振兴重点任务。投资主体可按照《自然资源部办公厅关于支持利用政策性金融资金加快推进土地综合整治和生态保护修复的通知》（自然资办函〔2024〕522号），申请政策性金融资金贷款，并按要求进行备案。投资主体可通过行使农村土地经营权、整合优势资源、统筹项目建设与管护、实施项目运营等措施，统筹考虑投资成本、出资能力、运营能力、项目自身市场化收益以及贷款本息偿还等问题，确保做到资金平衡。严格遵守国家关于地方政府隐性债务管理的各项政策文件，不得违法违规提供财政资金偿还担保、承诺，防止形成新的地方政府隐性债务。
方案编制
实施方案编制要点可参照附录C，省级自然资源主管部门可结合当地实际细化相关规定。实施方案成果主要包括文本、图表、附件及数据库等。涉及“三区三线”局部优化的，与国土空间规划衔接一致后，与零星分散低效用地整合、城乡建设用地增减挂钩、土地权属调整等相关内容统一纳入实施方案。涉及土地权属调整、“三区三线”局部优化、城乡建设用地增减挂钩的，可形成专章。其中，土地权属调整专章内容应包括土地权属调整类型、调整范围、调整原则、调整方法和时间安排等。按照《国土空间调查、规划、用途管制用地用海分类指南》要求，列表说明整治区域各类用地整治前后的面积、结构和比例，分析耕地、永久基本农田数量和建设用地总面积等增减情况。
多方参与
实施方案应广泛征求涉及的发展改革、财政、自然资源、生态环境、交通运输、水利、农业农村、林业和草原等政府相关部门和利益相关方的意见，充分听取当地村民意见，并综合各方面意见修改完善。
实施方案报批
县级人民政府应将实施方案逐级报省级自然资源主管部门批准，其中涉及其他相关部门职责的，应征求同级相关部门意见。省级自然资源主管部门应组织省级相关部门及有关专家，对市、县上报的实施方案进行联合审查，符合要求的予以批复。各级相关部门应重点对实施方案中相关内容的科学性、合理性和可实施性进行充分论证，审核实施方案是否符合国土空间总体规划，相关子项目是否与详细规划（含村庄规划）或乡村地区“通则式”规划技术管理规定做好衔接。对耕地和永久基本农田要重点审查调整是否符合“总体稳定、微调优化”原则，是否做到耕地面积不减少、质量有提升，永久基本农田调整规模是否超过所涉乡镇永久基本农田划定面积的5%，城镇开发边界内的永久基本农田调整是否符合相关政策要求等。对建设用地整理要重点审查是否因整治活动造成整治区域内建设用地总面积增加，城镇开发边界规模和扩展倍数是否不突破等。对生态空间要重点关注是否做到严守生态保护红线，乡村生态空间连通性是否得到改善等。审查是否存在负面清单中的相关情形。经批准和备案的实施方案，是开展全域土地综合整治项目设计、实施、验收、监管的基本依据，应及时公布并在整治区域内长期公开。
加强规划衔接
实施方案应以国土空间规划和已划定的“三区三线”成果为依据，可结合国土空间规划对土地开发利用方式进行局部微调、统筹优化，但不得打破县、乡级国土空间总体规划确定的总体格局。实施方案需与详细规划或“通则式”要求衔接一致，可同步编制，确保项目依法依规实施。涉及对已批准的详细规划或“通则式”进行修改的，应经法定程序批准。实施方案经省级审核批准后，涉及“三区三线”优化或调整的，还应将整治区域逐级纳入全国国土空间规划“一张图”实施监督信息系统、框定规划底图，并在相关子项目验收后按程序更新全国国土空间规划“一张图”数据，方可作为规划管理、用地审批、执法和督察的依据。整治区域涉及相关矢量数据以最新年度国土变更调查成果为底图，空间数据主要包括实施单元、整治区域、整治前地类图斑、耕地和永久基本农田调整图斑、城镇开发边界调整图斑等，并符合国土空间基础信息平台有关要求。