本办法是重庆市为规范全域土地综合整治项目管理而制定的规范性文件，共六章三十条。本规定以国土空间规划为依据，明确了全域土地综合整治作为统筹农用地整治、建设用地整理和生态保护修复的空间治理活动定位。本制度遵循“市级部署、区县实施”原则，建立了从项目申报、实施方案编制审批到实施监管、验收评价的全流程管理机制，特别强调了耕地保护年度核算、资金平衡管理和负面清单管控等关键环节。本办法适用于经市规划自然资源局审批的全域整治项目，实施周期根据是否申请市级补助资金分别为三年或五年，并明确了市、区县、乡镇三级职责分工及政策性金融机构的参与路径。
本规定要求全域整治项目由区县人民政府作为责任主体，在取得村民支持基础上组织编制实施方案，方案需以国土空间规划和“三区三线”成果为依据，统筹安排农用地整治、建设用地整理、生态保护修复等子项目，并做好投入产出平衡分析。实施方案须经市规划自然资源局组织专家评审和部门审查后批复，批复方案应长期公开。本制度允许在实施范围不变、底线目标不突破前提下每年度调整一次实施方案，并实行分类分级审批，涉及市级补助资金或“三区三线”调整的需报市级审批或备案。
本规定构建了“行业监管、业主实施、乡镇联动、公众参与”的项目实施机制，要求建立市区两级巡查制度，市级巡查每年不少于一次，区县级巡查每年不少于两次。每年度须开展耕地保护年度核算，重点核查耕地数量和质量变化情况，同时对比核算建设用地总量。使用市级补助资金的项目还需开展年度绩效评价，评价结果作为后续资金安排的重要依据。本制度要求区县人民政府每年编制年度总结报告，系统梳理项目进展、资金使用和建设效果，相关报告须在规定时限内报送市规划自然资源局。
本规定将验收划分为子项目验收和整体验收两个阶段，子项目验收遵循“谁主管谁验收”原则，整体验收由区县人民政府组织实施。整体验收重点审核绩效目标完成情况、耕地保护任务落实情况和“三区三线”调整情况，验收合格后报市规划自然资源局复核。本制度明确要求子项目完成后及时更新国土空间规划“一张图”数据，涉及土地权属变动的应办理登记手续，并按照“谁使用、谁受益、谁管护”原则落实后期管护责任，确保项目长期发挥效益。
