本办法是国家发展改革委为深入推进重要江河湖库保护治理、统筹水资源水环境水生态而制定的专项管理规范。本专项以纳入国家相关规划的重点流域和近海海域为治理对象，重点扶持与水质改善直接相关的综合治理工程，涵盖江河湖泊水库治理、饮用水水源地保护、内源污染治理等类型。本专项投资原则上直接下达到具体项目，采取直接投资或投资补助方式，对不同地区实行差异化的支持比例，并对三峡库区、丹江口库区等特殊区域执行西部标准。本专项从项目储备、申报审核、计划下达、建设执行到监督管理构建了全链条闭环管理机制，强调依托在线平台强化项目调度与数据报送，明确各级发展改革部门和项目单位的职责边界，严格禁止重复申报、骗取资金、滞留挪用等行为，确保中央预算内投资精准落地、发挥实效。
本专项重点支持江河水环境综合治理、湖泊水库水环境综合治理、集中式饮用水水源地保护和源头治理、内源污染治理以及推进水环境保护治理的其他工程。对东、中、西和东北地区分别按照不超过核定总投资的50%、60%、80%、80%予以支持，三峡库区及上游、丹江口库区及上游执行西部地区比例，其他特殊地区按有关政策规定执行。
省级发展改革委负责投资计划的汇总申报和组织实施，须依托全国投资项目在线审批监管平台编制三年滚动投资计划，并对申报项目开展严格审核。审核重点包括项目规划依据、可研审批程序、支持范围合规性、建设方案经济可行性、前期要件完备性、资金落实情况以及项目单位信用状况，明确禁止已完工项目或已获中央资金支持的项目重复申报。
投资计划下达后，项目单位须按时开工建设，严格执行法人责任制、招标投标制等管理制度，每月通过在线平台如实填报进度信息。各级发展改革委通过督促自查、实地抽查等方式强化监督检查，国家发展改革委定期开展绩效评价。对项目审核不严、督促实施不力、信息报送不实等行为，可采取通报、调减资金或暂停申报资格等措施；对提供虚假情况、骗取挪用资金的项目单位，将核减收回资金并依法实施失信惩戒。
