生态保护修复工程是依据国土空间规划及生态保护和修复等相关规划，基于生态系统整体性和流域系统性，对由山、水、林、田、湖、草、沙等自然要素构成的，受损、退化、服务功能下降的复合生态系统进行整体保护、系统修复、综合治理的活动。其核心是通过打破单一要素或局部区域治理的模式，实现多要素（区域/流域要素、景观要素和生态系统要素）、多目标（生态、经济和社会目标）、多层次（区域/流域、景观、生态系统）的系统整合，以提升生态系统的多样性、稳定性和持续性。