楼主说的02年符合土地利用总体规划的土地规划指的具体是什么规划，没有说清楚，不好判断，是规划部门的土地利用总体规划，还是国土部门的土地利用总体规划，因为当时两部门分开，经常出现规划部门规划的建设用地范围到国土上是耕地甚至基本农田的情况，所以按照两种情况进行分析：

1、假如楼主说的02年符合土地利用总体规划是规划部门的土地利用总体规划，那只是符合未来城市发展设想，还需要与国土部门结合，这种情况下，这部分“基本农田”大概率会继续维持“基本农田”了。

2、假如楼主说的02年符合土地利用总体规划是国土部门的土地利用总体规划，现在这种情况应该是征用土地后，由于征而未建（部分土地仍是耕地或其他情况）导致下一轮土地利用编制时根据现状划定造成的误差，现在主要看你有没有办理土地证，如果办理，可以通过举证等方式通过此轮国土空间编制或村庄规划编制进行修改，（举个例子，做村庄规划时，看到村里一块空置地，由于没有深入了解情况，规划成了广场，但后来在实施中发现是村民宅基地，肯定也不能拿着规划图就不承认是村民宅基地的事实）但如果没有办理土地证，这部分“基本农田”大概率会继续维持“基本农田”了。

不论是什么原因造成的，但本轮国土空间改革，国土空间规划或村庄规划的编制都是纠错的一个好机会，本轮规划编制完成后，将代替以前所有规划，成为下一步发展建设的规划依据。

02年的规划图中，土地性质符合当时的土地利用总体规划图。之后，2006-2020年出现“基本农田”，说明基本农田这部分，02-06年期间耕种的还是农业，所以才会划为基本农田。

规划图的判定基本都是按已批期限近的规划优于之前的规划。所以，基本农田这部分，现在追溯的话，还是基本农田。