自然资源案件的管辖，有地域管辖、级别管辖、指定管辖和移送管辖。

1、地域管辖

自然资源违法案件由自然资源违法行为发生地的自然资源主管部门管辖，法律、行政法规、部门规章另有规定的，从其规定。

土地、矿产、国土空间规划违法案件一般由不动产所在地的自然资源主管部门管辖；测绘地理信息违法案件一般由单位注册地、办公场所所在地、个人户籍所在地的自然资源主管部门管辖。

两个以上自然资源主管部门都有管辖权的，由最先立案的自然资源主管部门管辖。

2、级别管辖

县级自然资源主管部门管辖本行政区域内发生的自然资源违法案件。

市级、省级自然资源主管部门管辖本行政区域内重大、复杂和法律法规规定应当由其管辖的自然资源违法案件。

自然资源部管辖全国范围内重大、复杂和法律法规规定应当由其管辖的自然资源违法案件。

有下列情形之一的，上级自然资源主管部门有权管辖下级自然资源主管部门管辖的案件：

（1）下级自然资源主管部门应当立案调查而不予立案调查的；

（2）案情复杂，情节恶劣，有重大影响的。

必要时，上级自然资源主管部门可以将本级管辖的案件交由下级自然资源主管部门立案调查，但是法律法规规定应当由其管辖的除外。

3、指定管辖

有管辖权的自然资源主管部门由于特殊原因不能行使管辖权的，可以报请上一级自然资源主管部门指定管辖；自然资源主管部门之间因管辖权发生争议的，报请共同的上一级自然资源主管部门指定管辖。上一级自然资源主管部门应当在接到指定管辖申请之日起七个工作日内，作出管辖决定。

自然资源主管部门与其他部门之间因管辖权发生争议，经协商无法达成一致意见的，应当报请本级人民政府指定管辖。

4、移送管辖

自然资源主管部门发现违法行为不属于本级或者本部门管辖的，应当填报《案件管辖移送书》，移送有管辖权的自然资源主管部门或者其他部门。受移送的自然资源主管部门对管辖权有异议的，应当报请上一级自然资源主管部门指定管辖，不得再自行移送。

来源：自然资源部《自然资源违法行为立案查处工作规程》（试行）